Ông là con của Heinrich II, Công tước Bayern. Khi cha nổi dậy chống hai hoàng đế tiền vị, và bị bắt giam, Heinrich con được giao cho Abraham, Giám mục Freising dạy dỗ, và sau đó ông học tập ở nhà thờ lớn tại Hildesheim. Hoàng đế Otto II hy vọng với lối giáo dục này, ông ta sau này khi trưởng thành sẽ không tham dự vào chính trị đế quốc.

Sau cái chết của Ottos II, Heinrich II của Bayern được thả ra, và lại được làm công tước của Bayern.

Năm 995, ông kế vị cha làm công tước Bayern. Sau đó ông làm đám cưới với Heinrich Kunigunde từ gia đình bá tước Luxemburg.